13-ть платится с дохода или иначе назвать с прибыли, заработная плата сотрудникам это затраты на производство,, в отдельной форме уплачивается налог и социальный и пенсионный, это сделано для того, чтобы организация или предприниматель с юридическим лицом, могли балансировать между прибыльным производством и убыточным. Можно поднять зарплату сотрудникам и делать отчисления в фонды, а можно показать прибыль и платить 13-ть государству, а можно прибыль или доход показывать в ноль и не платить с ноля ничего, а сотрудникам выплачивать часть зарплаты в конверте без налогов. Если организация ещё и кредитуется банком, то легко списывать затраты по производству на погашение кредита, если ты в ноль делаешь, разве, что налоговая заинтересуется через год, немного показывать надо, это система, все кушать хотят. Способов много, все это знают, коррупция рождается в голове чиновника только потому, что есть лозейки в законе, милые и удобные всем. Примеров могу привести много.